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福建方面的水师是由副总兵提调，下设参将。福建也设备倭都司，不过这个都司没有战船，有战事须报福建副总兵，再由副建副总兵部署。包括澎湖巡检司也是如此。
简而言之，当下不管是南方的水师，还是北方的水师，名义上都无法独立作战，均由当地总兵、参将提调。
唯一有独立性质，和海事有关联的则是广东和福建的市舶司。
沿海各地的市舶司原先不止广东和福建这两处，而是有多处。永乐年间甚至还在安南和马来等地设有市舶司，都是由内臣提调。不过此后两百年，市舶司不断被废，广东和福建这两处市舶司也是经历几废几立。
市舶司本质上其实就是海关，职责就是管理海上对外贸易。有意思的是，广东和福建的市舶司是十三年前由地方巡抚奏请复立的，而市舶司上交内库的税收却是很少。
这个现象就很有意思了，和吴淞水营的官兵宁可过穷日子，也不敢参与走私一样，让人十分的意外。
甭管哪朝哪代，海上贸易都是官府为主，南宋更是将这海贸做到了国库大半收入的程度。可以说，没有南宋繁荣的海贸，就根本没有南宋的存在。
到了当下大明朝，这海上贸易也很繁荣，每年流入大明的白银如流水一般，偏就朝廷没从中得到多少钱，连水师也没法从中分杯羹，这就令得魏公公不能不沉思，皇家海军成立之后，他的首要敌人到底是还没成气侯的红毛鬼呢，还是已经闭关锁国的日本，亦是那些海上的强盗，还是如同他一样的体制中人呢。
选择对的敌人，才能成功。
经过多方面了解的魏公公对于敌人到底是谁，心中是有了些数，现在，他就要磨刀了。
经过反复权衡，魏公公决意彻底改革海军旧有指挥体系，首先就是将吴淞水营所有战船和人员组建为皇家海军机动支队和留守支队。
机动支队即由能出海的战船组成，留守支队由不能出海的战船组成。
有鉴于暂时无法寻找新的驻军基地和港口，海军的一切供应都要从吴淞口获得，所以，至少在一年以内，吴淞口这里，魏公公是不能放弃的。要不然，他的船队很可能无法从其它地方获得补给。
机动支队由魏公公亲自提调，暂委千总王大力为支队长，加总兵衔。千总陆凤为副支队长，加参将衔。
机动支队由52艘战船组成，官兵3200余人，由原广东水师官兵1600余，扬州兵300余，松江兵300余，徽州兵200余，魏公公直属亲兵营并步军左营千余人组成。
支队计有三桅炮船3艘，福船6艘，楼船11艘，苍船9艘、海舫14艘，其余船只9艘组成。
除原各船配大炮116门，佛朗机炮162门，虎蹲炮210门，大杆子铳及其余轻重铜炮314门外，魏公公又将从军器局采购来的火器尽数配给机动支队，使得机动支队的火器优势较未整编前的吴淞水营强了三倍有余。并且，这一次他们根本不用担心火药不够，因为，魏公公有的是药子。
这意味着，只要不是国战，在东亚这片海域，魏公公真的能横扫一切牛鬼蛇神。
落日下的大明水师，依旧是东亚最强的海军。