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知道沈飞和完颜萍准备离开了以后，崇祯在政务变革也加速了，选举了国会，各地区各阶层选举出了五百个人，女性成员占四分之一，职能就是立法和弹劾，计划也是五年改选一次。沈飞对此也产生了兴趣，找到崇祯询问他的思路：“你是打算采用一院制，不是两院制”？
崇祯说：“对。欧洲采用两院制是他们刚刚脱离封建社会，还有大量封建贵族，才用上院安置这些贵族。中国周秦之变以后封建制度成为历史，宋代科举扩大之后魏晋开始的门阀也瓦解了，各地区之间的联系交流远比美国建立时频繁，不是从邦联制到联邦制，美国国会成立时还没有开始西进运动呢，中国没有必要分成两院”。
沈飞问：“那这一院实际上就是参议院的职能了”？
崇祯说：“是的。民间的各种结社实际上就有类似众议院的作用，历史上复社居然可以运作首辅人选，让周延儒上台，能量比众议院大得多了。从其中选一些代表进入国会就行了，不能再扩大他们的能量，否则就和历史上崇祯末年没有区别了。
还有弹劾的问题，我是打算四品以下的官员科道弹劾以后移交都察院调查审理。四品以上官员任免，则需要经过国会最终敲定，避免再出现随便一个科道言官弹劾就可以扳倒首辅级大佬的事情”。
沈飞说：“也就是说以后皇帝的权力会逐渐虚化？那么如果国会和内阁、参谋部这些重要机构之间发生矛盾怎么办？像北洋时的府院之争，搞得民间都参与进来形成五四运动。后世这样的事情应该是交给宪法审查吧？那还要建立最高法院了。现在连成文宪法都没有，你不会打算像王夫之提议的制订成文宪法吧”？
王夫之是这些年脱颖而出的一批年轻学者最出色的几个之一，和历史上一样提出了虚君立宪主张，“预定奕世之规，置天子于有无之处，以虚静而统天下，则不恃贵戚旧臣以夹辅”，不过王夫之最大的成就还不是这个，是和宋应星一起联合创立了完整的进化论，包括生物进化论、社会进化论，乃至文明进化论。
从《庄子》、王充开始就认为生物会有变异，不过多是出于想象。历史上明朝就有相应的进化论思想，李明珍的《本草纲目》不仅是医药学著作，更是一本博物学著作。排列原则是“由贱至贵”，矿物（非生物）、植物、动物，最后是人。动物按虫、鳞、甲、禽、兽排列，共收物1892种，沈飞以前就见过比较论文，认为李明珍的排列比起两百年后的林奈还精密。宋应星著作中已经提到了人工培育会使稻种变异优化，对于蚕种的培育选择更是涉及变异、遗传、选择，优胜劣汰选择出良种，后来被达尔文引用作为进化论的证据。
王夫之论述的进化论则是社会进化论和文明进化论：“三代沿上古之封建，国小而君多，聘享征伐一取之田，盖积数千年之困敝，而暴君横取，无异于今川、广之土司，吸龁其部民，使鹄面鸠形，衣百结而食草木”，直接指出了三代其实是像如今川广土司残酷盘剥部民的落后状态，而不是理想社会，这个观点现在已经获得很多人的支持，今后就不会再出现把周秦之变以后称为“封建社会”，又以势压人定论几十年的超级大乌龙了。
“大昊以前，中国之人若麋聚鸟集，非必日照月临之下皆然也，必有一方焉如唐、虞、三代之中国。既人力所不通，而方彼之盛，此之衰而不能征之，迨此之盛，则彼衰而弗能述以授人，故亦蔑从知之也”，大昊以前中国的人也像一群禽兽聚集，肯定有一方像三代时中国一样进入了文明社会，只是没有交流不知道，等中国进入了文明社会，交通通讯进步了，对方又衰落了无法记录传授，也无从得知。
其他地方的文明有兴衰，中国也一样“中国之文，乍明乍灭，他日者必且陵蔑以之于无文，而人之返乎轩辕以前，蔑不夷矣”，历史上王夫之的这种判断吻合中国后来被满清占领以后的三百年文明时间文明衰落。
王夫之能有这种认识，是现在中国和欧洲交流频繁了起来，对世界文明史有了一定认识，第二则是“以近小者推之”，从中国的历史上吴、楚、闽、越、齐、晋、燕、赵、粤、滇、黔各地区，从汉朝开始到隋唐和宋明以来社会文化经济以及世道人心的起伏变化，由近及远推测全世界都是这样。
“故吾所知者，中国之天下，轩辕以前，其犹夷狄乎！太昊以上，其犹禽兽乎！禽兽不能备其质，夷狄不能备其文……所谓饥则呴呴，饱则弃余者，亦直立之兽而已”，这一段则是从历史进化论、文明进化而转向了生物进化论，而且比之前那句“大昊以前，中国之人若麋聚鸟集”更加直接，直接点出当时人“亦直立之兽而已”，人也是由禽兽进化来的。
历史上王夫之没有机会和宋应星交流，现在这些思想和宋应星互相交流碰撞，加上崇祯的引导，中国又没有基督教神创万物的思想统治，就形成了成体系的进化论理论。
崇祯说：“制定成文宪法没有必要，后世英国就一直没有成文宪法，但是有很多惯例，宪法性文件。这些中国也有很多，六经就是宪法性文件，从董仲舒的《春秋决狱》开始就可以直接作为法律精神援引作为判案依据，也经常引用一些史籍先例作为处理事务的经验依据，和惯例相似”。
沈飞说：“我以前听过一堂范忠信的讲座，后来找了他的《情理法与中国人》看过，里面举过一个例子：汉成帝时，丞相薛宣被皇帝近臣博士官弹劾，眼看丢官。薛宣的儿子薛况雇佣刺客刺死了博士官，审理时御史中丞认为刺客和买凶者都应该判死刑，因为法律规定‘创戮近臣，大不敬’，应该‘弃市’，而廷尉认为‘春秋之义，原心定罪，原况以父见谤发忿怒，无它大恶’，最后的判决说‘当爵减完为城旦’，除爵流放了事，范中信称这是‘屈法律而全道德’，其实这是宪法性文件的效力高于刑法”。
崇祯说：“不错。还有看到吴钩一篇文章，关于张释之处理犯陛案时说错一句话，说在现场‘上使诛之则已’，进入了法律程序以后‘今法如是’，就只能按法律规定处以罚金。在张释之的坚持下没有杀那个人。不过因为张释之说的那句‘上使诛之则已’，被后世围攻，唐代的杜佑、宋代的洪迈、明代的丘濬、陆九渊都从各种角度批判那句话。其中陆九渊的要求最高，引用《尚书》‘乃有大罪，非终，乃为眚灾，适尔，既道极厥辜，时乃不可杀’，即使宋代的法律规定‘犯陛者杀’也不能杀，张释之也应该提请修订法律，而不是只是按照法律执行，吴钩的解释只是法理必须符合天道人情，就是自然法”。
吴钩的这篇文章沈飞也看到过，知道这件事，汉文帝时出行，经过渭桥时，一个人突然跑出来，惊了拉车的马，险些伤了汉文帝。针对这件的处理争议才引出的后世的争论，也明白崇祯的意思。
接过话头说“不是自然法。《尚书》是六经之一，也是宪法性文件，《尚书》的法律精神，偶犯、过失、非故意犯罪，能坦白罪行不适用死刑。效力高于刑法，张释之作为廷尉，最高司法官员，不能仅仅‘今法如是’，只会执行法律，还应该承担宪法审查的职能，废掉违宪的刑法规定”。
崇祯和沈飞达成了共识，之后的三个月里，各地选出了五百人的国会。徐光启、王徵、陈仁锡、熊明遇、李之藻、薄珏、孙传庭、方维仪、方以智九个人被选了出来组成了“最高法院”，这些人或者是退休的阁辅、或者兼通文理，或者文武双全，大部分都上了年纪，凭借“生生续命丹”活到了现在，只有方以智才三十出头，加入方维仪这一个女性也是崇祯进一步增加女性地位有意为之。
崇祯安排让太子对他们行大礼确立地位，找了一件比较大的争议事情，移交了这个九人组作有最终效力的裁决，并且宣布以后形成惯例。当然启动这个“违宪审查”有严格的程序，国会或总参谋部三分之二以上联名可以提请、内阁三分之一联名可以提请、三司会审不一致可以提请、平民个人权利受侵害，其他机构无法救济时可以提请（类似之前“告御状”）等等。
因为大部分“大法官”都上了年纪，又是被动提请后才能裁判案件，这些人平时也可以干其他的工作，幸好这些人绝大部分做的都是技术性和学术性的工作，薄珏现在也后继有人，有了诸升、孙云球这些学生继续制作各种光学和化学仪器。王锡阐已经开始天文学的培养，可惜黄履庄还没有出生，相信崇祯会留意的。
这时沈飞可以离开这个世界了，不过崇祯说了一件事情：阿九要结婚了。打算以这次婚事做一个表率，破除明朝公主出嫁的一些奇葩规定，顺便改变一样民间婚姻的一些习气，打开包办婚姻的一个小口子。选定的驸马是郑成功，两个人各自是沈飞和完颜萍的亲传弟子，希望沈飞和完颜萍参加了婚礼以后再走。
本来明朝为了防止外戚专权，规定附马只能选平民百姓或者下层官吏，而且亲属不能为官，已经为官的也必须提前退休，导致很多家族不愿意娶公主。而且事情操作被太监把持，闹出永淳公主被丑八怪骗婚、永宁公主守活寡的奇事，这次就是打破这些陋习的开始。
别说是外戚，按崇祯设计的政体，以后就连皇帝都要逐渐虚化，不再掌握实权，毕竟无法保证每一个皇帝都有穿越者的实力。婚事流程也尽量简化，只需要三个月，沈飞也就答应了。在这段时间里，沈飞又留下了一些东西，把《神雕》世界里少林寺的铁罗汉送给了王徵等爱好机械的人。另外把他自己修炼的道家心法内功写了出来交给了崇祯，比起他交给其他人的高了几级。