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明教总坛搬到了中原黄山光明顶，沈飞又在黄山松谷开辟了毒物培殖区，交给胡青牛夫妇管理，用以培殖星宿海搜罗的各种毒物。珍贵的金银血蛇在南塘帮总部由沈飞和完颜萍亲自喂养除外。
放到松谷里的各种毒物动植物大部分散养，只有两种蛇类精心培育，一是作为“肉蛇”取胆的菩曲斯蛇，二是作为“流毒无穷”的西毒战斗蛇，都是追求繁殖数量。
虽然之前胡青牛的基地蝴蝶谷也在安徽女山湖，但是毕竟离浙江安徽江西交界的黄山距离不小，如果回蝴蝶谷建立基地还要分派防卫力量，还不如都集中在黄山周边。同时情报系统、商业系统把触角伸向了邻近一两个省份延伸。
东南易帜对红巾军郭宋政权政治鼓舞极大，不过红军西路军五万人被明教本部收编也出于刘福通和郭子兴父子的预料，从汇集的情报来看，他们虽然有不满却也无可奈何。还是顺应局势，给沈飞送来了册封诏书，和历史上朱元璋的名号一样，吴国公。
对于是否接受这个册封，明教和南塘帮里引起了一场争论，见识过之前红巾西路军战斗力的明教本部有些看不起他们，大部分人认为没有必要屈居人下，有南塘帮东南数省的基础，明教可以单干。沈飞否决了这种意见，认为现在以齐心抗元为要，如果不接受这份诏书，无疑会加剧矛盾，反正就是一个名义，就答应了下来。其实沈飞另外还有一层考量，要以这个为鱼饵，把一些投机媚元势力钓出来一网打尽，如果他们还是向历史上那样作死的话。
历史上投靠朱元璋文官绝大部分都有在蒙元为官的经历，想洗刷自己曾经事元的不光彩记录，就导演了一出瓜步沉舟指使淹死韩宋傀儡皇帝韩林儿的把戏。朱元璋想当皇帝，完全派廖永忠正常接回韩林儿，再来一出历史上用过很多次的禅让仪式就行了。即便要杀韩林儿，也有更加隐秘的办法，比如下毒，根本不必用这种几乎广而告之的手段。
《明史》记载朱元璋说这事是廖永忠和结好的“儒者”窥探朱元璋的意思干的，没有说是谁，不过一般的“儒者”没有这种影响力，最起码是朱元璋手下的顶级谋臣，目的自然是想用这件事迫使朱元璋否认自己是红巾军韩宋政权的继承者，承认蒙元的正统合法性。
韩林儿被沉船淹死，朱元璋就彻底说不清楚了。无论怎么解释或者惩办凶手都洗脱不了这事是自己授意的嫌疑，如果还奉红巾军龙凤韩宋政权为正统，就要背上弑君的罪名。最后只能被迫和韩宋政权切割，承认了蒙元正统地位，那些文官曾经仕元的经历也就不是投敌当汉奸的污点了。
这件事让朱元璋非常恼怒，后来对手下曾经蒙元官员出身的文官非常苛刻，不少最后都找各种罪名或杀或贬。以廖永忠的战功只捞到一个侯爵，后来还以愈制被赐死，作为首席高参的刘基更是只是封了伯爵都与此有关，极为可能指使廖永忠的“儒者”就是刘基。
现在廖永忠也是沈飞暗中重点培养的对象，身兼洪水旗副掌旗使、指挥一舰的水军把总和情报司秘密头目三重身份，修炼《海蟾经》。现在傀儡皇帝变成了郭子兴父子，沈飞还是打算将来让廖永忠去执行类似任务。
刘基的背景情报司也暗中查访了一下，开始经过和历史上差不多，中元庭进士以后闲居三年，担任蒙元江西地方官八年，于四年前辞官回浙江故乡，也算是小有名望。东南易帜以后也招募他做过基层行政工作，能力确实不错，已经被推荐来了安徽工作。
不过刘基观念上对吴国公政权谴责曾经仕元的文人相当抵触，确实有媚元倾向，沈飞打算玩一出“钓鱼执法”，故意把他调职到廖永忠身边，让廖永忠和他多接触打好关系。如果刘基最终真的还像历史上那样作死，那沈飞也不会客气，绝对会借此对媚元者杀鸡儆猴。
五万人只是西路红巾军主力，在这三个月里，还有之前被元军击溃的八万多这路红巾军和难民陆续逃来的安徽投效，从中间又整编出了三万军队，其余人手则分流到了农工矿业，加上安徽本地新招募训练的五万军人，安徽驻军已经将近二十万。
红巾军另外两路兵马战事也出现了转变，东路军毛贵统帅的表现最好，与其他红巾军相比最大的优势就是文武双全，擅长经营根据地，攻克山东治理两年以后欣欣向荣，之后趁着蒙元只能凭地方军阀与义军作战，朝廷势弱，率军直捣大都。
过程中攻克南皮击杀历史上在南方与彭莹玉、项普略作战“有功”的汉奸元将董抟霄、元枢副使达国珍，前锋抵达到离大都仅一百二十里的柳州。
只是毛贵预测一路兵马兵力不足，原本打算和中东军汇合，等中路军攻克山西以后分居庸关和保定两路，联合中路军围攻大都，为了等待关铎、潘诚率领的中路军到来在柳州停驻不前，给了元庭集结援军的时间。
最终在柳州遇到从河南来全力支持的元军阻击，中路红巾军又攻击保定不克，没能完成两路夹击计划，毛贵只能败退回山东。而中路红巾军攻击保定不克以后，挥军攻克山西大同，经大同出塞直插蒙古草原，开始历史上气势恢宏的征程。
这路军队曾经占领并火烧蒙元上都，攻陷辽阳，两次攻入朝鲜，最后在恶劣的天气和元军及其藩属朝鲜军的前后夹击下失败。不过这次沈飞会在关键时候出手援助，改变他们的悲剧结局，让这个位面的后世流传他们的壮举。
毛贵退回山东以后，接下来就会发生内讧夺权火拼事件，毛贵在宴席上被他的老上级赵均用杀害，后来毛贵的下属续继组又杀了赵均用报仇，红巾军陷入内讧。察罕特穆尔趁机进军山东，攻陷济南，红巾军阵亡两万多人，田丰、王士诚战败诈降，后来寻机行刺杀了察罕特穆尔。之后王保保（扩廓帖木儿）被推举为首领，率军攻占益都杀了田丰和王士诚。
巩昌之战虽然大败元军骑兵，不过察罕特穆所部人马并没有伤筋动骨，损失最大的还是其他的其他几支人马，脱伯列和另一个汉奸军阀张良弼更是被沈飞的弹指神通顺手飞石干掉。现在察罕特穆正在集结兵力打算对山东红巾军动手，毕竟只有这支人马攻击过大都，对元庭威胁最大。
对于山东红巾军，沈飞犹豫过，要不要保毛贵，是不是也学元军趁红巾军陷入内讧群龙无首时出击收拾残局？最后决定可以利用内讧夺权，不过毛贵有功，命还是要保的。在情报司的暗中运作下，把赵均用的老上级芝麻李安排过去调解。
因为脱脱事先被干掉，没有徐州屠城事件，芝麻李等人也都没死，只是在后来的战争时因为能力不足，影响力被之后脱颖而出的将领超过，不过毕竟是资历深厚的元老，让他先出面说和一下再下手更加顺理成章。根据情报司搜集的情报，赵均用野心极大，连彭莹玉都不放在眼里，何况是芝麻这个过气的前上司。
事情也正如所料，半个月以后，赵均用设下鸿门宴，在宴会上动手要杀毛贵夺取他麾下兵力，出席宴会的芝麻李劝阻赵均用无效，反而被大骂一顿。在潜伏成毛贵护卫的情报司高手插手下，毛贵只是受了些伤逃脱，躲进了附近情报司产业控制的安全屋里。
消息迅速在山东传开，有芝麻李的证言，一时群情激愤，毛贵手下迅速来援，还是和赵均用手下发生火拼。山东毕竟是毛贵经营两年的地盘，即使失踪养伤，手下实力也远不是赵均用能比，一场大战下来，赵均用手下全部覆灭，他本人还是被续继组所杀。
还没等山东乱局平息，察罕特穆尔率军五万杀进山东，在情报司运作过山东红巾军放弃东平，一路撤往益都。同时在安徽、江苏早已经准备好集结的兵力迅速出击，韩山童、杨三姑夫妻和常遇春三大亲传弟子率领骑兵一万骑兵进军山东，张定边和李兰茵率领六个车营押后，在益都城下双方主力相遇，大战了一场。
这一战是红巾军重甲骑兵第一次登场，一人双马和察罕特穆尔骑兵来了一次火星撞地球式的碰撞，戚继光发明的一种武器“快枪”也第一次出现在战场上，快枪是冷热两用兵器，只能发射一次弹丸的步枪，射击完以后枪管前装上一个钢制枪头就当长枪使用。
韩山童和常遇春的武器都是春秋大刀，如关羽重现。此战中表现最出彩的是杨三姑，这与她使用的兵器有关，她使用是一杆长枪，使出破阵枪法在战场上往来纵横无敌，连杀二十多个元军，和常遇春先后在战场上顺利破入了丹劲。
益都就是宋朝的青州，姓杨、身披红巾，枪法如神，这些加起来都让人想起百年前的梨花枪无敌手杨妙真，杨三姑算是借了古人的名声风头大振。半个月大战和察罕特穆儿的骑兵打出了一比三的交换比，车营起到后合围歼灭了六成元军，张定边和李兰茵也破入丹劲，战场确实是最适合锻炼武艺，缴获战马一万三千多匹，超过了损失三倍多，察罕特穆尔仅带两万人马撤出了山东。
这时毛贵虽然已经清醒过来，不过还需要修养难以管事，吴国公沈飞部先是在内讧中救了毛贵的命，又在元军杀入是挥军救援，一场大捷下来大大提升了威望，逐渐接收了山东地盘。毛贵即使不满也无力阻止。
拿下山东以后，军管和各项产业也迅速跟进铺开，矿业、军工、商业、情报，因为山东靠海，最重要的两条是晒盐和造船业，从南方抽调工匠和水师北上，在登州（烟台）、胶州（青岛）、益都（威海）建立起大型造船和水师基地。