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同时，周云除了在参赞院民政方面的改革，在军队方面，也作了很大的调整。
在军机院中设五名军机副使，除了院使由周云亲自兼任外，李岩与孙明远兼任副院使，另三名副使分别为北柱将军府主将田见秀和上柱将军府主将吴初和副使黄得功。
军机，下设军参署，军政署，军令署，军需署和六柱将军府。
军参署负责作战计划制定和作战调动指挥。
军政署负责军队行政，军队编制，鼓动宣传，军民关系协调，军队纪律，军事监察和军事审理。
军令署负责军令的传递，军事情报收集，敌后行动，军用文书印鉴的管理。
军需署负责后勤粮草，兵械，车马等物资供应和医护卫生，交通运输，以及营帐路桥的搭建等。
而军机院与六部中兵部的职能有所不同。
兵部职能主要为征兵，教育，军工的研发生产，军地动员，巡检司的管理培训，与军机院职事权责相互补充。
军参署设左右署令，由原大顺降军将领李过担任左署令，右署令为北柱将军府副将杨彪。
军政署左署令为西柱将军府主将左梦庚，右署令为东柱将军府副将杨亮。
军令署左署令为暗影司使方云海，右署令为内卫司使侯贵。
军需署左署令为东柱军将军府副将刘芳亮，右署令为中柱将军府副将杨鼎勋。
由于军机院的设立，人员变动较大，随之周云对六柱将军府也进行了调整。
北柱将军府由郭绍任都督，副将惠登相，李过养子李来亨，王奇。
南柱将军府维持人员不变。
西柱将军府由金声桓任都督，副将罗洪，郝摇旗，吴景明。
东柱将军府由高一功任都督，副将马进忠，刘体纯，程铁牛。
中柱将军府由王石虎任都督，副将党守素，卢鼎，秦文君。
上柱将军府由岳明轩任都督，副将岳镇邦，卢光祖，于大忠。
周云在人员调整的同时对军队进行了整编。
取消原来各军的以府名命名的番号，统一为以省区域命名，将各军进行整合。
北柱将军府下辖晋云军，北云军，辽云军，骑兵两万，共计十万大军。
南柱将军府下辖赣元军，桂云军，粤云军，长江水师一万，共计十万大军。
西柱将军府下辖秦云军，陇云军，川云军，山地步兵一万，骑兵一万共计十万大军。
东柱将军府下辖苏云军，浙云军，鲁云军，闽云军，加骑兵两万，江南水师一万，合计十五大军。
中柱将军府下辖豫云军，鄂云军，湘云军，加骑兵一万共计十万大军。
上柱将军府下辖皖云军，火炮军一万，共计四万大军。
周云亲辖亲卫营骑兵五千，亲卫营火器兵五千，共计一万。
裁撤掉原来大顺军与南明军队中的老弱后，夏军野战军约五十九万兵马。
另外周云将侯贵的内卫司中的黑云卫分离出来，将其扩充到五万，分驻各省负责征剿匪盗，协助地方维持秩序，与各省巡抚衙门双重管理。
将韩永年的巡检司扩充到四万，分驻各省负责设卡征税，打击不法，沿途货物护送，驿站管理等。
在汝阳城，周云在改革军政的同时，也开启了教育革新的征程。
他下令恢复科举，在汝阳城兴办大夏国子监，于归德府的商丘城创办大夏讲武堂，又在泽州建起大夏工学院。
一时间，整个大夏都涌动着一股焕然一新的气象。