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辽东正面战场的大胜使得清军的战线开始崩溃，多铎的部队在包头被黄公辅和李自成击溃，残余的6万部队逃窜至通辽，但又遭遇了卢象升率领的8万精兵，结果清军惨败，仅有不到3万残兵逃离到漠北与鳌拜残部会师；而西域则在夏国相打至阿力麻里城下时果断选择投降，宣布西域归顺大明，成为大明的疆土。
收复辽东和奴儿干都司之后，崇祯下令停止进攻，开始对江山的巩固。崇祯28年，即1656年，郑成功率领的南洋水军夺取爪哇、吕宋和马六甲诸岛，并找到了各国的末代王室族裔扶持上位，并建立新的朝贡体系，新体系如下：
1朝贡国需每年缴纳全国收入25成作为庇护金给予大明朝廷位于本国的宣慰司和提督府，也可使用诸如铜、铁矿或木材、糖盐等资源来抵扣；
2朝贡国在缴纳庇护后受大明王朝所庇护，任何国家或组织敢于进攻朝贡国将会受到距离最近的明军进攻；
3朝贡国国民与明朝国民不分任何高低贵贱，若明朝国民在朝贡国土上触犯当地法律，交由联合审判团共同审判，而朝贡国国民在明朝土地犯事则交由本地衙门审理；
4若朝贡国缴纳庇护金逾期达4个月以上，那该朝贡国将不再受到明朝庇护，明朝将撤离一切明朝国民及其资产；
5各朝贡国将选出使团入驻北京东交民巷，每4年换一轮；
而对于南方士绅及商贾阶层，崇祯想到了一个妙计，将部分北方官员调至南方与南方官员相互牵制，而部分南方官员也同样如此。同时，太子在当选的两年内选择其所中意之官员并派往南方，这样一来可压制住南方世家及商人；二来可以在北京沦陷后，太子立刻接替皇位来稳定天下，但南北方所交换的官员和太子放任其在南京监国虽在前期十分奏效，但这也为之后的“双皇之乱”埋下了祸根！
为了方便管理东北地区，崇祯将努尔干都司划分为辽宁、吉林、龙江和鄂伦春四省，在辽宁重建省府奉天并更名沈阳，在吉林建省府海参崴，在龙江建立省府哈尔滨，在鄂伦春东部的库页岛上建立省府库页。同时将夺得的大兴安岭北部新建一省名满洲省，设满洲里为省府；大兴安岭南部与唐山、山海关、通辽、赤峰和承德等城合并为热河省。并开放关口，将大量流民和商人带入了东北这一块未开发之地，同时以永乐年间的四条干道为基础修缮并延展了数百条通往东北和外兴安岭北部的道路。同时，崇祯安排卢象升、孙承宗、谭洪和黄得功等将领屯兵在最危险的满洲省。由于战乱和对东北的开发时间较晚，导致外兴安岭以北的地方被沙俄占领，但对于这些土地，崇祯并没有放在心上。经过了15年的经营，东北地区由原来的“北大荒”摇身一变，成了除南方以外最大的粮食和煤铁矿生产地区。
而对于西北地区，崇祯原本想派遣李自成前去主持事务，但李自成在1659年死于内疾突然病发，于是派遣夏国相和王平藩去驻扎在阿力麻里城，并将阿力麻里改名乌鲁木齐，并与哈密卫合并，称伊犁，由伊犁提督府主管伊犁大小事务。原李自成的职务改为任第一任提督，改为王平藩为第一任提督兼御史总督察，夏国相为第一任伊犁兵务总管。而为了加强对内地的联系，崇祯以兰州为对西域的枢纽，建立了直达哈密、伊犁、乌鲁木齐与和田4城的驿道，并以此为基础建立了无数条小道，并在沿路设立500余座大大小小的驿站。而崇祯这番操作，彻彻底底地将西域与远在天边的朝廷绑定，西域也开始了第一轮的建设。
西南方面，张献忠和刘宗敏两人对西南各土司的治理也是卓有成效，而在崇祯北上的这些年里，张献忠于1658年死于被毒虫咬伤感染，随后不治身亡。西南地区在刘宗敏的不断治理下不断发展，和内地的来往也更加紧密。
从1653年开始，崇祯见时机成熟，便对掌握住的几个大土司掌管的地区实行改土归流，并且重点集中于较大且价值高的土司。而有不少难免反抗的土司，因此崇祯以捏造反明和谋杀周边土司的民众，借此灭除了所有知道内情的土司和亲信，并且将土司亲属转移至诸如长沙、武昌、南昌等中部大城市。内情直到永历2年才得以浮现。而在这几年里，崇祯将各土司的直系亲属分别封了副土司，拥有了对土司的制约能力。
就在大明欣欣向荣之时，崇祯病倒了，御医建议他休息个几日再来处理政务，他拒绝了，说：“我的身体我自然知道，就让我这个老柴火再发挥下余热吧。”接着，他对黄公辅说：“你去一趟南京，把太子接来。”
1663年11月19日，崇祯走在乾和宫外面的广场上。此时的他因为病痛已经被折磨得消瘦不堪，为了处理政务，他还坚持在身患病痛时处理政务，他的头发几乎掉光了，脸上也布满了皱纹。他突然感觉很冷，便站在了太阳下。但他还感觉不够暖和，想要伸手抓住太阳，但这也是他的一厢情愿罢了。
眼看他抓不到太阳，他也便放弃了。继续在周围侍女的搀扶下踱着步子。这时，太监来到他身边，说道：“皇上，太子殿下来了。”
“知道了，叫他来寝宫见我。”崇祯点了点头，一屁股坐到了轿椅上，回了寝宫。
不久，太子朱慈炤和黄公辅便赶到寝宫向崇祯请安。崇祯对太监打了个手势，示意把椅子搬过来，让他们坐下。
崇祯欣慰地看向了黄公辅，他说：“黄先生啊，犬子日后也便拜托给你了，他一直的学生，到我死后你也依旧是他的先生！如果他以后做出了什么有损百姓之事，那你就可以用这宝剑令他下发罪已诏！”说着指了指他的那把佩剑。
“臣谢陛下之信任！”黄公辅答道，“臣定将以于少保及诸葛武侯为楷模，为社稷及苍生鞠躬尽瘁，死而后已！”
这次托孤就好似白帝城托孤，崇祯一席话令黄公辅为大明再效力12年，后大诗人龚自珍特赋《叹公辅》赞叹此事：“
先帝临终托社稷，再镇江山劳怨废。
玄德托孤得武侯，今则平侯(黄公辅死后谥平国侯)效武侯。”
崇祯点了点头，说：“那你们就先退下吧，我想要和炤儿单独待些时候。”
众人走后，父子两人面对面坐了下来。
“炤儿，”崇祯说道，“你还记得你娘葬在哪里吗？”
“记得！”朱慈炤答道，“在先皇通常所葬的天寿山上。”
“好，”崇祯难得慈祥的点了点头，“你娘生前因为朝中所拦，只能挂个贵妃之名，把你过继到皇后门下，我对不住你娘啊。”说着，崇祯的脸上已是老泪纵横，他对不住田秀英，更对不住三个儿子，一个儿子在外打仗身死，两个儿子在朝中因不满东林党所为一个被杀害，另一个被贬为庶民，如今不知何在。
“我希望我死后，你能给你娘也追封个皇后，然后把我葬在他旁边，也算是我弥补了我人生的一件遗憾吧。”
朱慈炤点了点头，泪水也不争气地从眼角中滑到下巴上。
“我提心吊胆地活了一辈子，原本我坐上皇位是因为你大伯死了，然后我被拉上去顶替你大伯，我知道他们把我当作傀儡那般摆布，于是我开始暗中不断积攒力量，并玩出一些险棋，比如把袁崇焕和孙传庭这些辽东军代表假装赐死，实则把他们关在行宫之下的秘牢中，并将他们的家族全数迁入南京等等。而我在李自成攻陷北京后只身乔装打扮，后好在遇到个小军官护送我来到南京，与南方商贾重建朝廷，再把新朝廷迁入北京这些局你知道为什么吗？”
“是为了让南方商贾、北方士族和辽东将门达成一个平衡，而我们就坐收渔翁之利是吗？”朱慈炤答道。
“哈哈哈，不愧是炤儿，真聪明！”崇祯赞许地笑了，接着说，“我这几十年……不，应该说是十几年来都是为了让士族、商贾、将门达成一个平衡，从而让我们能够更好地操控他们，这盘十余载的棋局我也完成我该完成的了。也算是圆满结束了，而下一盘就只能靠你了。”
“爹，”朱慈炤说，“炤儿肯定不会辜负你的期望的！”
“炤儿啊，来！”崇祯伸出了他的手，凑在他耳畔边，对他说道，“无论你以后怎么去治理这个天下，我希望你记住这几句话：待民如子，切莫欺民；臣子可信，但莫托之。”
说到这，他用食指指着他，说：“你要多防备那些文臣，别看这些拿着笔杆子家伙弱不禁风，但内心啥都想，甚至可能谋反，必要之时可斩草除根！”
朱慈炤点了点头，双手紧紧抓住了崇祯那满是皱纹的手。
“炤儿啊，”崇祯慈祥地问他，“你恨你爹把你送入南京行宫的偏殿里不过问你的一切吗？”
“不，”朱慈炤摇了摇头，“当时爹所面临的情况很危险，若不对外宣布我死，那我就会和其他几个兄弟一样。”
“聪明！”崇祯赞许地点了点头，“曾几何时，我也想要像今天这样陪着你聊聊天，但政务使得我也脱不开身，而今天也算是把这人生没有做到我这当爹的没有该做的一切挽回一些吧。来吧，让咱父子俩坐在这宫中看看这夕阳吧。”
此时夕阳正好撒入了寝宫，映照出崇祯皇帝朱由检和皇太子朱慈炤相坐的影子，而他所真爱的田秀英仿佛坐在朱由检身旁若隐若现。固引龚自珍的《帝王情》来形容此景：
谁说无情帝王家，只因天下需无情。
帝王若是寻常家，天下谁能更有情？
1663年11月23日，崇祯因疟疾突然恶化去世，享年52岁。其棺椁在经过金水桥时明军鸣炮36响以祭奠他在位的36年，内阁次辅史可法与36位内阁议员和太子朱慈炤起草了一篇《昭告天下》
“今日崇祯帝朱由检因病逝世，乃全国之悲痛，特布告天下，全国停止农作1日，寒食7日，各户人家在门口挂白绫3日，以示对先帝之殇之哀悼。先帝崇祯在位30余载励精图治，虽有过失，但后期夺回努尔干都司及辽东，平定南洋之乱足以称之为将功补过迷途知返之功，因而追庙号“肃宗”，并追封先帝贵妃田氏为贤良明理田皇后；在位期间，史官记为崇祯中兴。”7日后，新皇朱慈炤于天台举行登基仪式。
崇祯的灵柩到了他的真爱田秀英墓前，依照遗嘱，崇祯与田秀英合葬一处，成为了天寿山明朝皇室墓地唯一的一处帝王与妃子合葬的墓。在入土时，朱慈炤竟当众对着正在入土的灵柩跪地恸哭，在场的各位官员无一不动容，而他一举动使得自己揽获了一批人心。
崇祯入土的7天后，朱慈炤在天坛举行了登基大典，由内阁首辅黄公辅来宣读登基檄文：
肃宗之死，乃大明之国殇。而国不可一日无君，即日起，太子朱慈炤继承法统，年号永历；特于天坛祭祀列祖，以天地为誓，永不入桀纣之流，钦此！
永历即位的一个月后，接任顺治王位的多铎在和林与沙俄的大使安德烈斯特那夫举行会晤。安德烈此次前来，是就给予清朝军事支持所需的条件进行磋商。
进入谈判场地，安德烈首先开口，他对多铎说：“我这次前来是奉沙皇陛下阿列克谢一世之命前来就俄军对清朝的军事援助等问题进来磋商。”
“欢迎远道而来的友人。”多铎说，“那我们就开门见山了。”说着，安德烈手上就多了一条清单。内容如下：
1沙俄部队须出动至少45万兵力，其中不少于400门重炮及10万骑兵；
2沙俄军队需援助清军武器装备；
3沙俄援助武器必须质量过硬；
4沙俄在3个月内必须到位全部物资供给。
虽然这是一笔不小的豪赌，但安德烈选择赌一把，他说：“条件的话我们接受，不过你们也得答应些我们的条件。”说着，多铎手上也多出了沙俄的清单：
1沙俄政府需全权指挥战斗，清军只能负责作宏观战略部署及指挥自己所属部队；
2战后清朝须将奴尔干都司赠送给沙俄当局，不得有任何形式的干涉；
3沙俄军队在战时受伤者以1人2两银子赔付；战死者以1人6两银子赔付，且沙俄动用的军费必须由满清承担，并且需立刻缴纳6成费用。
多铎看了看，点了点头：“好的，那就拜托你向阿列克谢沙皇致以我的问候。”
“嗯，那就签字画押吧。”安德烈说着，开始与多铎签署了《和林条约》，而经过短暂喘息的明朝又将面临他的第二次浩劫。